1997到2002年，三年里三元品牌在很多消费者心中打下清晰的烙印。在2008年的乳业风波中，三元再次荣登乳业市场的顶峰，以百分百的质检合格率为人心惶惶的消费者吃了一颗“定心丸”。三元牛奶从此闻名全国。三元集团却并非只做牛奶。1997年三元集团整合系统内包括北京市牛奶公司的优质奶业资源和北京麦当劳50%的权益，组建成立三元食品有限公司并在香港联合交易所成功上市。三元集团开展多种经营，像麦当劳餐厅、八喜冰激凌、丘比沙拉酱、荷美尔肉食、太阳葡萄酒、安德鲁水果，这些品牌都来自三元的大家庭。不仅如此，全聚德烤鸭、肯德基炸鸡所用的部分材料也都出自三元。

2009年4月，由北京三元集团、北京华都集团和北京大发公司重组成立北京首都农业集团（简称“首农集团”）。其中，北京三元集团有限责任公司是资产重组的主体。北京华都集团有限责任公司是中国肉类工业50强企业，此次国有资产无偿划拨给三元集团。北京市大发畜产公司资产则由三元集团进行托管。组建后的首都农业集团成为一家以农牧业为主的大型农业国有集团公司，资产总额150亿元，年销售额100亿元，员工近4万人，国有全资及控股企业64家，中外合资合作企业25家，境外公司2家；集团在畜禽良种繁育、养殖、食品加工、生物制药、物产物流等方面在行业中具有明显优势，形成“从田间到餐桌”的完整产业链条。

2009年末，首农集团与北京市大兴区人民政府签署战略合作协议，拟在大兴区瀛海镇工业园区投资兴建一个日处理鲜奶能力1200吨的现代化乳制品生产加工基地。同时，三元食品还将通过品牌授权的方式进军八宝粥和非碳酸饮料市场。随着多元化战略开始实质性进展，三元将逐步摆脱“命系乳业”的局面，构建起以乳业为核心，多产业并存的产业架构。三元集团将以科学发展观为统领，集成科技，发挥优势，深化改革，努力把集团公司建设成为具有较强经济实力、资产控制力、科技创新力和市场竞争力的首都标志性现代农业企业集团。